זיהום כרוני הוא מצב בריאותי ארוך טווח שבו מיקרואורגניזמים פתוגניים, כמו חיידקים, וירוסים, פטריות או טפילים, נשארים בגוף לתקופה ממושכת. זה יכול לקרות כאשר מערכת החיסון אינה מצליחה לחסל את הזיהום לחלוטין. זיהומים כרוניים יכולים להתרחש בכל מקום בגוף, כולל הריאות, האוזניים, העור או דרכי השתן. התסמינים תלויים במיקום ובסוג הזיהום. הטיפול בדרך כלל כולל שימוש ממושך באנטיביוטיקה או בתרופות אחרות שמטרתן להשמיד את המיקרואורגניזמים הפתוגניים. דוגמה טיפוסית לזיהום כרוני היא הפטיטיס B כרוני.