הטיפול האנטי-פטרייתי הסיסטמי הוא סוג של טיפול סיסטמי עם תרופות אנטי-פטרייתיות. דוגמאות לתרופות אנטי-פטרייתיות סיסטמיות שבהן אנו משתמשים לטיפול בזיהומים פטרייתיים הן: למיסיל (טרבינאפין), ספרנוקס (איטרקונזול), דיפלוקן (פלוקונזול).