A krónikus fertőzés egy hosszú távú egészségügyi állapot, amelyben patogén mikroorganizmusok, mint például baktériumok, vírusok, gombák vagy paraziták hosszabb ideig a szervezetben maradnak. Ez akkor fordulhat elő, ha az immunrendszer nem képes teljesen megszüntetni a fertőzést. Krónikus fertőzések bárhol előfordulhatnak a testben, beleértve a tüdőt, füleket, bőrt vagy húgyutakat. A tünetek a fertőzés helyétől és típusától függnek. A kezelés általában hosszú távú antibiotikumok vagy más, patogén mikroorganizmusok elpusztítására irányuló gyógyszerek használatából áll. A krónikus fertőzés tipikus példája a krónikus hepatitis B.